János Zsigmond lemondott az eredeti II. János választott magyar király címről, és fejedelemnek neveztette magát. Erdély első fejedelme művelt, több nyelven tudó, türelmes, atlétatermetű, daliás férfi volt, azonban nem szeretett katonáskodni, inkább érdekelték a hitviták, mint a hatalmi viszonyok.
II. János, teljes nevén Szapolyai János Zsigmond István 480 éve, 1540. július 7-én született. Apját, Szapolyai János erdélyi vajdát 1526 novemberében, a mohácsi csatavesztés után választotta királlyá a székesfehérvári országgyűlés. A főnemesség egy része decemberben a Habsburg-párti Báthori István által összehívott pozsonyi országgyűlésen a jelen sem lévő, de fegyvereseit azért elküldő Habsburg Ferdinándot választotta királlyá. Az ország kettészakadt, egy évtizedig sem Ferdinánd, sem a török támogatását élvező Szapolyai nem tudott a másik fölé kerekedni. Ezt belátva 1538. február 24-én Váradon titkos megállapodást kötöttek, amely az ország keleti részét Szapolyainak, a nyugatit Ferdinándnak adta, azzal a kikötéssel, hogy János halála után az egész ország Ferdinándra száll, Szapolyai esetleg születendő fiát pedig egy német hercegséggel kárpótolják.
A koros és beteges Szapolyai 1539 elején elvette Jagelló Izabellát, I. Zsigmond lengyel király lányát. Fia, János Zsigmond halála előtt két héttel, 1540. július 7-én született meg és Szapolyai – állítólag – utolsó szavaival a váradi békét felrúgva őt nevezte meg utódának. A csecsemőt szeptemberben a rákosmezei országgyűlésen királlyá is választották (de soha nem koronázták meg). Az özvegy királyné és tanácsadója, Fráter György Ferdinánd ellen Szulejmán török szultánhoz fordult védelemért, aki ezt meg is adta, csakhogy a saját szája íze szerint értelmezve. A szultán 1541. augusztus 29-én csellel elfoglalta Buda várát, és azt ígérte, II. János nagykorúságáig „megőrzi” azt.
Szulejmán a kis királyra, illetve annak anyjára és Fráter Györgyre Erdély, a Tiszántúl és a Temesköz kormányzását bízta, évi tízezer forint adó fejében. Izabella és Fráter György között állandósultak az ellentétek, s utóbbi 1549-ben titkos megállapodást kötött Ferdinánddal, amely szerint Izabella és fia a sziléziai Oppeln és Ratibor hercegségek fejében lemondanak Erdélyről, amelynek kormányzója a barát marad. Az özvegy királyné az erőszaknak engedve 1551-ben aláírta lemondását és fiával Lengyelországba távozott. Ferdinánd erdélyi uralkodását azzal kezdte, hogy meggyilkoltatta a megbízhatatlannak minősített Fráter Györgyöt, s gyorsan kiderült, hogy Erdélyt megvédeni nem, csak kizsákmányolni képes. A kiábrándult erdélyi rendek visszahívták Izabellát és II. Jánost, akik a Porta jóváhagyásával 1556. október 22-én diadalmasan vonultak be Kolozsvárra.
Erdélyt fia nagykorúságáig Izabella kormányozta, aki felállította a kancelláriát, magához vonta a pénzügyeket, visszafoglalta a még Habsburg kézen lévő várakat, az ellene szervezkedő főurakat kivégeztette. János Zsigmond csak 1559-ben, anyja halála után vehette kézbe a hatalmat. A daliás megjelenésű fejedelem hányatott ifjúsága ellenére kiváló neveltetésben részesült, tucatnyi nyelven beszélt, de a katonai tehetség hiányzott belőle. Tizenegy éves uralkodása alatt megszilárdította az erdélyi fejedelemséget, amelyet a németekkel szemben fegyverrel védett meg, a törökkel pedig elismertette önállóságát. 1561-ben, amikor kulcsfontosságú várak kerültek árulás miatt Ferdinánd kezére, kénytelen volt Szulejmán segítségét kérni. A helyzetet kihasználva lázadtak fel 1562-ben a feudális kötöttségeik szigorítása ellen tiltakozó székelyek, a felkelést János Zsigmond erős kézzel verte le. 1566-ban a Magyarországra hatalmas sereggel érkező Szulejmán évi tízezer forint adó ellenében athnáméban (ünnepélyes okiratban) erősítette meg fejedelemségében, védelmet és támogatást ígérve neki. Erdély határait és szabad fejedelemválasztási jogát az 1568-ban a Habsburgok és a törökök közti drinápolyi béke is megerősítette.
A Habsburgokkal váltakozó szerencsével folyó harcok, béketárgyalások 1570-ben zárultak le. A Speyerben megkötött egyezményben János Zsigmond lemondott a magyar királyi címről, cserében I. Miksa elismerte uralmát Erdély és Partium felett, és engedélyezte neki a fejedelem (princeps) cím használatát, kijelölték a közös határt, és segítséget ígértek egymásnak török támadás ellen. Az egyezmény biztosította János Zsigmond fiúutódai számára Erdélyt, de előírta, hogy ezek kihalta után Erdély Miksára és utódaira száll. A fejedelem nem sokkal később, 1571. március 14-én gyermek nélkül halt meg. Anyja mellé, a gyulafehérvári székesegyházban temették el, de a hamvai a város többszöri feldúlása során szétszóródtak.
Erdély első fejedelme művelt, türelmes és igazságos volt, aki katolikusnak született, 1563-ban áttért a lutheránus, majd a református vallásra, élete utolsó éveiben pedig az erdélyi alapítású unitárius vallás híve és pártfogója volt. A békét akaró János Zsigmond 1568. január 6-13. között országgyűlést hívott össze Tordára, amely a világon először törvénybe foglalta a lelkiismereti és vallásszabadságot, egyenjogúsította a katolikus vallást és az erdélyi reformáció három ágát, az evangélikus, a református és az unitárius vallást, biztosította a gyülekezetek számára a szabad lelkészválasztást. 1567-ben nyomdát állított fel Gyulafehérváron, magyarrá tette a törvényhozás nyelvét.
„Gergely Imre, ez a folyvást haladó művész már csak azért is megérdemli, hogy első helyen vele foglalkozzunk, mert a fiatalabb nemzedékből ő az, ki mindig nagyobb föladatokat tűz maga elé s azok megoldásán ambicziójának és tehetségének teljes erejével dolgozik. Most történeti képet fest: János Zsigmond fejedelemmé választását. A kép központja Martinuzzi, ki az erdélyi rendek előtt lelkesen emel szót a kis János Zsigmond érdekében, kit anyja: Izabella királynő mutat be a tordai országgyűlésnek. Martinuzzi imponáló alakja körül a hódoló rendek csoportosulnak s a festő kitűnően tudta kiaknázni a mindent magával ragadó lelkesedés mozzanatát. A festmény, jól jellemzett alakjaival, hatásos csoportosításával tagadhatatlanul egyik legkiválóbb műve a kiállításnak.” (Forrás: Vasárnapi Ujság, 1904. november 20.)
János Zsigmond halála után az erdélyi rendek a speyeri egyezményt megszegve, a szabad fejedelemválasztásról szóló török athnémára hivatkozva Báthori Istvánt választották fejedelemmé. I. Miksa nem rendelkezett elég katonai erővel a szerződés érvényesítéséhez, így véglegesült az ország három részre osztottsága.
