A bős-nagymarosi vízerőmű beruházási munkálatait 35 éve, 1989. május 13-án függesztették fel. 1989 óta nem született kölcsönösen elfogadható megoldás egyebek mellett a Duna vízhozamának megosztásában sem. A vitás kérdések annak ellenére állnak fenn, hogy több mint negyedszázados a hágai Nemzetközi Bíróság 1997-es ítélete is, amely rendezésükre kötelezi a feleket.
Magyarország és Csehszlovákia 1977. szeptember 16-án kötötte meg az államközi szerződést a bős-nagymarosi vízlépcső megvalósításáról. A felek abban is megállapodtak, hogy az energiatermelő berendezéseket 1986 és 1990 között helyezik üzembe.
Az építkezés megkezdését azonban a gazdasági nehézségek miatt elhalasztották. 1981-ben tárgyalásokat folytattak a beruházás elhalasztásáról, majd 1983. október 10-én Prágában szerződésben rögzítették a határidő öt évvel történő kitolását. A magyar küldöttségben a tárgyalások megkezdésekor vetődött fel először a kedvezőtlen környezeti hatások tudományos vizsgálatának szükségessége.
A beruházás vizsgálatára a Magyar Szocialista Munkáspárt Központi Bizottsága a Magyar Tudományos Akadémiát kérte fel. Az MTA 1983. december 20-i állásfoglalásában a várható környezeti és gazdasági károk miatt az építkezés elhalasztását javasolta, de a munkálatok leállítását is megfontolandónak tartotta.
Az 1984. augusztus 1-jén megalakult Duna Kör civil szervezet a vízlépcsőrendszer környezeti káraira hívta fel a figyelmet szamizdat hírlevelekben, nyilvános vitákban, tiltakozó akciókban. A szervezet 1985 decemberében alternatív Nobel-díjat kapott tevékenységéért.
1985-ben a magyar környezetvédők követelésére, illetve gazdasági nehézségekre hivatkozva a nagymarosi építkezést átmenetileg felfüggesztették. 1986. május 28-án az Országos Vízügyi Beruházó Vállalat és a Magyar Villamos Művek Tröszt magánszerződéseket kötött osztrák vállalatokkal. 5,7 milliárd schilling értékben a Donaukraftwerkét bízták meg a nagymarosi vízerőmű tervezésével és kivitelezésével, abban is megállapodtak, hogy a magyar fél az erőmű beindulása után húsz éven keresztül elektromos árammal törleszti a beruházás költségeit.
Az események hatására 1988. április 24-én a környezetvédők tiltakozó felvonulást tartottak a Visegrád és Esztergom közti Duna-parton. 1988. szeptember 2–4. között a Duna Kör kezdeményezésére létrejött Duna Konferencia tudományosan megalapozottnak tekintett bírálatot fogalmazott meg a vízlépcsőrendszerről. Szeptember 12-én tízezrek tüntettek az Országház előtt az építkezés ellen.
Az Országgyűlés 1988. október 6-7-án tartott ülésén mégis úgy döntött, hogy az építkezést folytatni kell. 1989. február 6-án a beruházás befejezésének határidejét 1995-ről 1994-re módosították. Az állandósuló tiltakozások és a népszavazási kezdeményezések után 1989. május 13-án Németh Miklós miniszterelnök javaslatára a kormány felfüggesztette a nagymarosi építkezést.
A kormányfő mindezt május 24-én közölte Ladislav Adamec csehszlovák miniszterelnökkel, majd közös felülvizsgálatot javasolt kollégájának. A május 13-i kormánydöntést az Országgyűlés 1989. június 2-án hagyta jóvá, egyben felhatalmazta a kormányt a további tárgyalások folytatására.
A két ország szakértői 1989. július 15. és július 19. között Budapesten tárgyaltak, a magyar fél ekkor adta át a csehszlovák szakértőknek a vízlépcsőrendszer működtetésének kockázatairól készült dokumentációt. A miniszterelnöki találkozó is Budapesten zajlott le 1989. július 20-án, amikor Németh Miklós bejelentette: a magyar kormány nemcsak a nagymarosi, hanem a dunakiliti építkezést is felfüggeszti.
Az Országgyűlés a munkálatok végleges leállításáról és a szerződés módosításáról 1989. október 31-én döntött. Novemberben Csehszlovákia megkezdte az előkészületeket, hogy az eredeti tervtől eltérően a saját területén töltse át a Duna vizét a bősi erőmű üzemeltetésére.
1992. május 7-én a magyar kormány az Országgyűlés felhatalmazásával május 25-i hatállyal felmondta az 1977. évi államközi szerződést, amelyet a parlament június 9-én hatályon kívül helyezett. Válaszul októberben – Magyarország tiltakozása ellenére – a szlovák oldalon befejezték a C-változat gátjait, és Dunacsúnnál, mintegy 40 km hosszúságban a bősi üzemvízcsatornába terelték a Duna vizét.
A Szigetközben a vízhiány miatt súlyos környezeti károk keletkeztek.
1996-ban Szlovákiában teljes és állandó üzemelésre állt át a bősi erőmű, majd átadták a bősi vízlépcsőrendszer dunacsúni zsilipkamráját, amely az üzembe nem helyezett dunakiliti gátat volt hivatott pótolni.
A vita eldöntésére a két fél a hágai Nemzetközi Bírósághoz fordult, amely 1997. szeptember 25-én hozott ítéletet. Eszerint Magyarországnak nem állt jogában, hogy 1989-ben felfüggessze, majd 1992-ben végleg felmondja a szerződést. Nem volt megalapozott a környezetvédelmi szükségállapotra való magyar hivatkozás, mert nem állt fenn a szükségállapot egyik fontos feltétele, a nagyon súlyos, azonnali veszély.
Ugyanakkor Csehszlovákia szintén megsértette a szerződést, amikor az úgynevezett C-variáns megépítésével egyoldalúan elterelte a Dunát. A két félnek tovább kell tárgyalnia, és kölcsönösen kártérítést kötelesek adni egymásnak.
2011 elején a kormányszóvivő bejelentette: a kormány a jelenlegi körülmények között nem támogatja, hogy magyarországi folyókon nagyméretű duzzasztóművek vagy vízlépcsők létesüljenek.
2024 márciusában magyar-szlovák kétoldalú egyeztetések útján kezdte meg feltárni a kompromisszumos megoldás lehetőségeit a bősi erőmű ügyében több évtizede fennálló vitás kérdésekben. A magyar-szlovák kapcsolatok biztató alakulása az első megbeszélés tapasztalatai szerint is kedvező alapot teremthet a rég időszerű megállapodásra.
