Nagy Imrét és társait 1958. június 16-án végezték ki. Az ellenük indított per 1958 júniusában zajlott, miután 1956 novemberében elfogták őket.
Nagy Imrét, a forradalmi kormány miniszterelnökét, Maléter Pált, a kabinet honvédelmi miniszterét, Gimes Miklós újságírót, a forradalom egyik vezéralakját 1958. június 15-én a Legfelsőbb Bíróság koncepciós perben szervezkedés kezdeményezése, vezetése, zendülés és hazaárulás vádjával a fellebbezés lehetősége nélkül halálra ítélte. Másnap, 1958. június 16-án az ítéletet végrehajtották a Kozma utcai börtön udvarán, a halottakat helyben elhantolták.
„Úgy érzem, eljön az idő, amikor ezekben a kérdésekben nyugodtabb légkörben, világosabb látókörrel, a tények jobb ismerete alapján igazságot lehet szolgáltatni az én ügyemben is. Úgy érzem, súlyos tévedés, bírósági tévedés áldozata vagyok. Kegyelmet nem kérek.” (Nagy Imre, az ítélethirdetés után)
Az ellenük indított per 1958 júniusában zajlott, miután 1956 novemberében elfogták őket. A forradalmi események és a per között eltelt két évben az újjászerveződő hatalom szerint Nagy Imre és csoportja 1955-től kezdve tudatosan, az „imperialistákkal szövetkezve készült a proletárdiktatúra megdöntésére”. A vádlottakat „a népi demokratikus államrend elleni szervezkedésben való részvétellel”, illetve „szervezkedés vezetésével” vádolták, Nagy Imrét hazaárulással is. A zárt tárgyalás után Nagy Imrét, Maléter Pált és Gimes Miklóst halálra ítélték és kivégezték. Kopácsi Sándor életfogytiglani, Donáth Ferenc 12, Jánosi Ferenc 8, Tildy Zoltán 6, Vásárhelyi Miklós 5 éves börtönbüntetést kapott. Nagy Imre kivégzettek holttestét a börtönudvaron betonba ágyazták, majd 1961-ben titokban átvitték a Rákoskeresztúri temető 301-es parcellájába.
Nagy Imre vádlott-társai közül Losonczy Géza újságíró, kormányának sajtó- és propagandaügyi államminisztere tisztázatlan körülmények között 1957. december 21-én börtönben halt meg, Szilágyi József jogászt, a forradalmi kabinet miniszterelnöki titkárságának vezetőjét pedig külön perben hozott ítélet nyomán 1958. április 24-én végezték ki. A perek, a kivégzések a nyilvánosság teljes kizárásával történtek, erről közleményt csak 1958. június 17-én adtak ki a “Nagy Imre és társai ellen lefolytatott büntetőeljárásról és az ítéletről”. Ekkor jelentették be Szilágyi és Losonczy halálát is. A hír villámcsapásként hatott azok számára, akik amnesztiát vártak. A hírre számos nyugati országban tüntetettek a magyar és a szovjet követségek előtt. A szovjet rendszerű országok sajtója „szigorú, de igazságos” ítéletről beszélt, az Egyesült Államok tiltakozott Nagy Imre és társai kivégzése miatt.
Nagy Imre, Maléter Pál és Gimes Miklós holttestét 1961 februárjában a legnagyobb titokban a Rákoskeresztúri új köztemető egy elvadult részébe, a 301-es parcellába szállították, és jeltelen sírokba temették el. Losonczy Gézát és Szilágyi Imrét a feltételezések szerint már haláluk napján odavitték. A parcella az 56-os megtorlások sok áldozatának volt nyughelye, majd az évtizedek során a nemzeti harc, bukás és feltámadás jelképe lett, ma az 56-os forradalmi megemlékezések egyik legfontosabb helyszíne.
A Magyar Szocialista Munkáspárt (MSZMP) legfelsőbb szerve, a Politikai Bizottság (PB) határozatában már 1988 novemberében engedélyezte a hozzátartozóknak Nagy Imre és mártírtársai újratemetését. Ezt 1989. január 26-án a Németh Miklós vezette kormány is jóváhagyta „kegyeleti intézkedésként”. Különleges nyomozócsoportot állítottak fel a földi maradványok felkutatására, majd ennek eredményeként indulhatott meg 1989. március 29-én a rákoskeresztúri temető 301-es parcellájában a sírok feltárása, a holttestek azonosítása. Először Nagy Imrét, majd március 30-31-én Gimes Miklóst és Maléter Pált, április 1-jén pedig Szilágyi Józsefet hantolták ki a szakemberek és a családtagok jelenlétében, de a nyilvánosság kizárásával. A testek arcukra fordítva feküdtek a sírban, kezük drótkötéllel volt átkötve.
Az exhumálás április 6-ra befejeződött, ezt követően az ellenzék és a kormány szervezésében kerülhetett sor még abban az évben, a kivégzés napjának évfordulóján, június 16-án a Hősök terén több tízezer ember jelenlétében az ünnepélyes gyászszertartásra, majd a mártírok újratemetésére. Ez a nap, az újratemetés a rendszerváltozás szimbolikus eseménye lett, a nemzeti gyász és megemlékezés napjának nevezték el, és 2007 óta az ötvenhatos vértanúk emléknapjaként ünnepeljük. A Legfelsőbb Bíróság Elnökségi Tanácsa 1989. július 6-án Nagy Imrét és társait felmentette az ellenük 1958-ban emelt vádak alól.
1989. március 29-én megkezdődött Nagy Imre, az 1958-ban kivégzett miniszterelnök és mártírtársai holttestének kihantolása a Rákoskeresztúri új köztemető 301-es parcellájában. Az 1956-os mártírok 1989-es újratemetése a rendszerváltozás egyik legfontosabb állomása volt. Nagy Imre miniszterelnök és a forradalom több áldozata évtizedekig jeltelen sírban volt eltemetve, míg 24 évvel ezelőtt méltó tiszteletadással valódi megnyugvásra leltek. Az újratemetés napja az ötvenhatos vértanúk emléknapja.
