Heller Ágnes fő kutatási területe az etika és a történetfilozófia volt, egész életében élesen bírálta a elnyomó uralkodó elitet, posztmodern szempontból értelmezte az etikát és a modern világot, új megközelítési lehetőségeket kínált fontos társadalomelméleti problémák megoldásához.
„A filozófia: egy világ – be lehet lépni a realitásból a mese világába. Hol volt, hol nem volt, volt egyszer egy ember, volt egyszer egy király és annak három lánya. Ilyen a filozófia. A király három lányának nincs köze a mocskos falusi kunyhóhoz, ahol a nagymama az éhező unokájának a Hamupipőke vagy a Piroska és a farkas sztorit meséli.” (Heller Ágnes – Kőbányai János: Bicikliző majom)
Heller Ágnes 1929. május 12-én Budapesten született zsidó polgári családban. Ügyvéd édesapjától – aki születésekor állítólag azt mondta, szeretné, ha a lánya filozófus vagy zeneszerző lenne – tanulta a könyvek, az irodalom szeretetét. A második világháború idején a szigorodó zsidótörvények ellehetetlenítették a család életét, a deportálás elől Heller Ágnesnek sikerült megszöknie.
A háború után leérettségizett, majd a pesti egyetem magyar-filozófia szakán tanult tovább. 1951-ben megszerezte a diplomáját. 1955-ben lett a filozófiai tudományok kandidátusa, 1967-ben doktori fokozatot szerzett. 1947-ben lépett be a kommunista pártba, de később kizárták. 1953-tól 1958-ig volt ismét az állampárt tagja. Ebben az évben 1956-os szerepvállalása miatt fegyelmivel elküldték az egyetemről, öt évig gimnáziumban tanított, írásai nem jelenhettek meg, útlevelet nem kaphatott. 1963-tól az MTA Szociológia Kutatócsoportjának munkatársaként filozófiai kérdésekkel foglalkozott. 1968-ban aláírta a csehszlovákiai bevonulás elleni tiltakozást, emiatt ismét „parkolópályára” tették. 1973-ban az MSZMP Politikai Bizottsága határozatában Heller filozófiai nézeteit is antimarxistának nyilvánította, ezután négy évig „politikai munkanélküliként” fordításokból élt.
„A jelenben mindig benne él a múlt, különböző jelenekben egy különbözőképpen értett és átélt múlt.”
1977-ben második férjével, a szintén filozófus Fehér Ferenccel elhagyta az országot, és előbb Melbourne-ben, a La Trobe Egyetemen tanított, majd 1986-tól a New York-i Új Társadalomtudományi Főiskola professzora lett. 1989-ben hazatért, 1995-től a szegedi JATE filozófiai és a budapesti ELTE esztétikai tanszékének egyetemi tanára volt, és tanított New Yorkban is. 1999-ben nyugdíjba vonult, 2010-től professor emeritaként ismét tanított az ELTE Esztétika Tanszékén. 1990-től az MTA levelező, 1995 óta rendes tagja volt.
„Minden alkalommal, amikor elmeséljük magunknak az életünket, másként mondjuk el. Minden korban, azaz történelmi és életkorban másként mondjuk el, minden hangulatban, boldogságban vagy boldogtalanságban másként mondjuk el, ha ebben hiszünk, vagy abban hiszünk, másként mondjuk el. Két ellentétes történetet is elmondhatunk életünkről és mindkettő hiteles lehet.” (Heller Ágnes: Trauma)
Heller Ágnes műveinek nagy részét az 1994-ben elhunyt Fehér Ferenccel közösen publikálta. Fő kutatási területe az etika és a történetfilozófia volt. Pályája kezdetén munkáit a marxizmus és az újbaloldali gondolkodás jellemezte, később inkább posztmodern szempontból értelmezte az etikát és a modern világot, új megközelítési lehetőségeket kínált fontos társadalomelméleti problémák megoldásához. Magyarul megjelent munkái közül kiemelkedik A reneszánsz ember (1967), a Portrévázlatok az etika történetéből (1976), a Diktatúra a szükségletek felett (1979, Fehér Ferenccel és Márkus Györggyel), Az igazságosságon túl (1987), A történelem elmélete (2001), A „zsidókérdés” megoldhatatlansága (2004), Megtestesülés. Filozófiai esszék (2005), Trauma (2006), Ímhol vagyok. A Genezis könyvének filozófiai értelmezései (2006), Sámson (2007), A halhatatlan komédia (2007), New York-nosztalgia (2008), Filozófiám rövid története (2009), Kertész Imre. Négy töredék (2009), A mai történelmi regény (2010). Az önéletrajzi emlékezés filozófiája (2015) A filozófia rövid története gólyáknak (2016).
1998-ban Bicikliző majom címmel Kőbányai Jánossal közös műveként jelent meg interjú-önéletrajza, 2009-ben Rózsa Erzsébet monográfiát írt róla Se félelem, se keserűség címmel.
„A magyar antiszemiták körében gyökeret vert az a teljesen hamis koncepció, hogy a zsidóság és a liberalizmus azonos. Hasamat fogom a nevetéstől. A zsidó tradíciókban a liberalizmus nagyon kis szerepet játszott. Hol voltak a zsidók erőteljesen reprezentálva? Vagy a baloldalon – a szociáldemokratáknál és még többen a kommunistáknál –, vagy a konzervatív oldalon. A jelentős zsidó politikusok, gondolkodók nagy része konzervatív és magyar nacionalista volt. A zsidó liberális ritka, mint a fehér holló. Magyarországon a magyarok voltak a liberálisok. Az egész XIX. századi liberalizmus tősgyökeres magyar liberalizmus Széchenyitől mind a két Eötvösig: Józsefig és Károlyig. A liberalizmust a zsidósággal azonosítani, ebben elmebetegséget, számomra igazán hízelgő elmebetegséget látok, mert nagyon szeretném, ha a zsidó tradíciónak köze lenne a liberalizmushoz – de szomorú szívvel megállapítom, hogy nincsen.” (Heller Ágnes – Kőbányai János: Bicikliző majom)
Heller Ágnes 1981-ben Lessing-, 1995-ben Széchenyi-, 1996-ban Hannah Arendt-díjat kapott, 2006-ban az európai kultúra kutatásában szerzett érdemeiért elnyerte a dán Sonning-díjat. 2008-ban Budapest díszpolgára lett, ebben az évben a dél-izraeli Beér-Seva város Ben Gurion Egyeteme díszdoktorává avatta, és megkapta a Karel Kramár emlékérmet is, mert negyven évvel korábban, 1968-ban tiltakozott a prágai tavasz leverése, Csehszlovákia megszállása ellen. 2010-ben Goethe-érmet kapott, 2012-ben a németországi Oldenburg városa a Carl von Ossietzky-díjat adományozta neki, az olaszországi Primo Levi Kulturális Központ pedig neki ítélte a Primo Levi 2012 nemzetközi díjat. 2014-ben a Magyar Ellenállók és Antifasiszták Szövetsége Radnóti-díjjal tüntette ki.
A 2019. július 19-én Balatonalmádi partjainál hirtelen elhunyt Heller Ágnes a Magyar Tudományos Akadémia rendes tagja volt és a New York-i New School for Social Research professor emeritusa. Heller Ágnes Széchenyi-díjas filozófus temetése július 29-én, hétfőn 11 órakor lesz a Kozma utcai izraelita temetőben. A Budapest díszpolgára címmel 2008-ban kitüntetett filozófust a főváros saját halottjának tekinti.
